提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
RCEP生效一周年 政协委员建议打造福建东盟产业连通器******
中新社福州1月12日电 (记者 闫旭)在12日于福州继续举行的福建省政协十三届一次会议上,福建省政协委员、厦门大学国际关系学院/南洋研究院教授吴崇伯建议,推动境外经贸合作区建设,打造福建东盟产业连通器。
时值《区域全面经济伙伴关系协定》(RCEP)生效一周年,抢抓RCEP机遇,拓展福建与RCEP成员国经贸交流合作,成为此次福建政协会议的热议话题。
2022年,福建出台高质量实施RCEP的32条措施,签发原产地证书2.57万份,货值103.7亿元人民币。福建省省长赵龙在福建省十四届人大一次会议上作政府工作报告时表示,福建将积极培育国际营销公共平台,政策支持企业运用RCEP优惠关税等规则开拓市场、抢抓订单,推动“福品卖全球、全球买闽货”。
吴崇伯认为,福建省与RCEP其他成员国联系日益密切,经济往来频繁,在RCEP生效实施的良好预期下,应采取措施全面对接RCEP。
作为中国—印尼“两国双园”项目的中方园区,位于福建福州福清市的元洪投资区已有印尼投资企业21家。吴崇伯提出,将中国—印尼“两国双园”项目打造为两国产业的连通器,同时积极探索建设中国(福建)—马来西亚“两国双园”、中国(福建)—菲律宾“两国双园”,重点推动印尼春申农业合作示范区、柬埔寨闽柬工业园等加快投资建设。
“用好协定关税减让安排和原产地规则,在巩固传统产品出口优势的同时,扩大机电产品、高新技术产品出口。”吴崇伯建议,推动对RCEP成员国先进技术设备、原材料、中间产品、优质消费品进口,将福建打造成东南沿海地区区域性进口商品集散中心。
他也建议,充分发挥福建省侨资侨力优势,加强与RCEP成员国合资经营、联合投资;探索在RCEP成员国搭建电子商务平台,支持跨境电子商务等新型贸易方式和外贸综合服务企业的发展,全方位与RCEP成员国建立更为密切的合作关系和合作机制。
如何抓住RCEP生效实施带来的机遇?在此次福建政协会议上,民革福建省委会建议,稳定福建传统优势产业纺织鞋服产业链供应链,打造RCEP纺织鞋服出口基地,建设RCEP进口纺织鞋服产品营销中心,拓展福建省对外经贸合作的广度和深度,推动形成国际经济竞争合作新优势。
民进福建省委会经过调研认为,福建数字贸易增长将迎来机遇期,可加快推进新型数字基础设施建设,探索制定完善数字贸易制度规则,促进跨境电子商务创新发展,拓展与RCEP国家的电商平台合作,推动福建制造品牌“走出去”。
近期,福建多地组织企业“出海”抢订单。福建省政协委员、致公党福建省委会专职副主委吴棉国建议,发挥侨海优势,加强闽企与海外工商界、企业界的沟通交流,引导产业链、供应链上下游企业共同抱团;扩大闽企的海外“朋友圈”,为闽企“抱团出海”铺路搭桥。(完)
(文图:赵筱尘 巫邓炎)